Γεννημένος στο Comodoro, ο Villafáñez έκανε τα πρώτα του βήματα στην Primera División της Αργεντινής με τη φανέλα της Independiente σε ηλικία 19 ετών. Στα 23 του μετακόμισε στην Ελλάδα όπου εξελίχθηκε σε έναν από τους παίκτες που ξεχώρισαν στη Super League κατά τη διάρκεια του δανεισμού του στον Παναιτωλικό, κερδίζοντας σύντομα τη μεταγραφή του στον Παναθηναϊκό με τον οποίο κατέγραψε συνολικά 134 συμμετοχές σε έξι σεζόν και δύο διαφορετικές θητείες (με ενδιάμεσους σταθμούς σε Τουρκία και Μεξικό), ενώ συνέβαλε και στην κατάκτηση του Κυπέλλου Ελλάδας τη σεζόν 2021/22.
Μετά την αποχώρησή του από τον Παναθηναϊκό το καλοκαίρι του 2022, κατέκτησε το πρωτάθλημα Κύπρου με τον ΑΠΟΕΛ τη σεζόν 2023/24 και πανηγύρισε την άνοδο στη Super League με την Κηφισιά το 2024/25, προτού ενταχθεί στην AKFC τον Αύγουστο 2026.